De geschiedenis van de stad Boekarest is ouder dan zijn aanwijzing tot hoofdstad (die slechts dateert vanaf de XIXe eeuw). Volgens de legende werd de stad gesticht door een herder met de naam Bucur (wat vreugde betekent in het Roemeens), nu weet men dat de stad waarschijnlijk in de XIVe eeuw gesticht werd door Mircea de oude (Mircea cel Batrân) na zijn overwinning op de Turken. Eerst werd naar Boekarest verwezen als 'het Fort van Boekarest' in 1459 toen Vlad III, de Spietser, prins van Walachije er zijn residentie had. Het was op dit moment, dat het oud koninklijk hof, Curtea Vech, verslagen werd. Gedurende de regering van Radu II de elegante (Radu cel Frumos) werd Boekarest de verblijfplaats van het koninklijk hof.

In brand gestoken door de Ottomanen in 1595, werd Boekarest opnieuw opgebouwd en vergroot zowel in oppervlakte als in welvaart. Het centrum lag rond de Lipscanistraat, zo genoemd naar de inwoners van Leipzig die hier hun winkels hadden. Gedurende de XVII e eeuw wordt Boekarest het belangrijkste handelscentrum van Walachije en, in 1698, koos Constantijn Brâncoveanu het als hoofdstad van zijn rijk. In de XIX e eeuw, is de Romaanse bezetting van Boekarest verschillende malen op de proef gesteld door de Ottomanen, de Oostenrijkers en door de Russen. De stad werd twee maal bezet door deze laatsten, in 1828 en in 1853-1854, hierna vervangen door een Oostenrijks garnizoen in 1854 dat in de stad bleef tot maar 1857.

Op 23 maart 1847 vallen 2000 gebouwen in Boekarest ten prooi aan de vlammen en een derde van de stad werd vernield. In 1861, bij de vereniging van Walachije met Moldavië, wordt Boekarest de hoofdstad van het vorstendom Roemenië. Dankzij dit nieuwe statuut neemt de populatie van Boekarest merkbaar toe in het tweede gedeelte van de XIXe eeuw en een nieuw tijdperk van urbanisatie begint.

De extravagante architectuur en de kosmopolitische cultuur gedurende deze periode bezorgen Boekarest zijn naam van 'Parijs van het Oosten' (of klein Parijs, Micul Paris), met de Avenue de la Victoire (Cela Victorei) als Champs-Elysées. Maar de sociale scheiding tussen de rijken en de armen, beschreven door Ferdinand Lasalle, maakt van de stad een wildernis
Tussen 6 december 1916 en november 1918 wordt de stad bezet door de Duitsers en de hoofdstad verplaatst naar Iassy. Na de eerste wereldoorlog wordt Boekarest de hoofdstad van Groot-Roemenië dat naast andere gewonnen gebieden ook Transylvanië behelst. Tijdens de tweede Wereldoorlog lijdt Boekarest erg onder Engels-Amerikaanse bombardementen (het Roemenië van generaal Antonescu is geallieerd met Nazi-Duitsland).

Onder het presidentschap van Nicale Ceausescu (1965-1989) werd het grootste gedeelte van de historische stad vernield en vervangen door Oostblok-blokken, waarvan het beste voorbeeld het Burgercentrum is, dat het Paleis van het Volk omvat, een megalomane constructie waarvoor een volledig stadsdeel weggeveegd werd door Ceausescu. In 1977 maakt een aardbeving van 7,4 op de schaal van Richter 500 slachtoffers en vernietigd eveneens veel oude gebouwen. Desondanks bleven sommige historische stadsgedeelten tot vandaag nog bestaan.

Boekarest is getuige van de decemberrevolutie in 1989, gestart in Timisoara en dan in 1990 van de studentenmanifestaties en van hun gewelddadige onderdrukking door de mijnwerkers van de Jiuvallei. Na het jaar 2000, profiterend van het begin van de economische boom in Roemenië wordt de stad gemoderniseerd een beweging die tot op vandaag gaande is. Vooral het noordelijke gedeelte van de stad is zich aan het transformeren in een residentieel en commercieel centrum terwijl het historische centrum de restauratie begonnen is.